Dva chlapci, jejichž otcem je Colin Farrell, pocházejí z oddělených vztahů. Jeho starší syn James si udržuje klidnější existenci, ale veřejnosti je známější jeho mladší syn Henry, který se narodil v roce 2009 a s hercem veřejně vystupoval. Na začátku Jamesova života mu byla diagnostikována neobvyklá nemoc.

12. září 2003 porodila kanadská modelka Kim Bordenave jejich syna, první otcovství Colina Farrella. James se narodil, ale Farrell natáčel Alexandra, takže u porodu nebyl. Často prohlásil, že být rodičem je ta nejlepší práce, jakou kdy měl; proto své potěšení neskrýval.

Jeho přátelství s Kim bylo v té době zjevně napjaté, navzdory jeho štěstí. Kim byla rozrušená tím, co viděla jako Colinův nedostatek pozornosti v tak klíčové době, a dokonce na svůj blog těsně před narozením dítěte napsala, že hodlá vychovávat dítě nezávisle na Colinovi.

Ale netrvalo dlouho a zjistili, že pomoc bude potřeba. James byl nejprve prohlášen za zdravého při narození, ale později lékaři zjistili, že má Angelmanův syndrom, což je vzácné genetické onemocnění, které narušuje neurovývoj. Když byly jeho synovi Jamesovi v roce 2007 čtyři roky, Colin zveřejnil zprávu o svém onemocnění.
Farrell zůstal blízko svému synovi i Kim a hrál významnou roli v Jamesově výchově. Byl svědkem každého významného obratu v Jamesově životě. V rozhovorech pro tisk diskutoval herec o vývoji svého syna a řekl, že on a Kim společně „slaví i ta nejmenší vítězství“.

Všichni v domě ronili slzy, když se James naučil chodit ve čtyřech letech, podle Farrella. Své první slovo řekl v šesti letech, a když mu bylo devatenáct, dokázal se sám živit a dokonce ovládat své záchvaty. Když dojedl, jeho tvář připomínala malbu od Jacksona Pollocka. Zvládá to však dobře; dobře se živí.
Myslím, že je opravdu úžasný, takže jsem na něj každý den hrdý,“ řekl Colin. James přesto potřebuje pomoc se spoustou každodenních prací, a proto Kim a Colin požádali o společnou konzervatoř těsně předtím, než James dosáhl osmnácti let. Bývalí manželé se o syna dodnes společně starají. Colin založil v roce 2024 charitativní organizaci na pomoc rodičům, jejichž děti mají genetické abnormality. Cílem charity je podporovat rodiče dospělých dětí se speciálními potřebami, které se s těmito obtížemi často musí potýkat sami.